Domani terrò il seminario “Integrating palaeoclimate into population genomics” (Integrare il clima del passato nella genomica di popolazione) per la serie di webinar Uppsala-Hacettepe Palaeogenetics and Population Genetics (UHPalaeopopgen).
Si può partecipare iscrivendosi a questo link. Il seminario non sarà registrato.
Ringrazio Gülşah Merve Kılınç (Università Hacettepe di Ankara) e Torsten Günther (Università di Uppsala) per avermi invitato.
È uscito nella rivista “Communications biology” l’articolo che abbiamo scritto con Andrea Manica (Cambridge), Francesco Boschin e Paolo Boscato (Siena).
Michela Leonardi, Francesco Boschin, Paolo Boscato & Andrea Manica
Following the niche: the differential impact of the last glacial maximum on four European ungulates
Communications Biology volume 5, Article number: 1038 (2022)
Cosa è successo agli ungulati temperati in Europa durante le fluttuazioni climatiche che hanno interessato gli ultimi 50.000 anni? Per rispondere a questa domanda abbiamo raccolto un database di date al radiocarbonio associate a resti di cavallo, uro, cervo e cinghiale tra 47.000 e 7.500 anni fa (in modo da escludere individui domestici).
Abbiamo analizzato questi dati con un nuovo metodo che ricostruisce la nicchia ecologica (realizzata) nel tempo, e permette di testare se è rimasta stabile o è cambiata. Tutte le specie analizzate hanno cambiato la loro nicchia, principalmente durante l’ultimo massimo glaciale o subito dopo, con uno schema coerente con le preferenze individuali in termini di habitat. Sembra che siano sopravvissuti ai cambiamenti climatici grazie alla loro flessibilità e all’espansione della loro nicchia in risposta all’estinzione di altre specie animali avvenute i quel periodo (sia competitori, sia predatori).
In termini più generali, con questo studio dimostriamo che anche specie grandi, con tempi di generazione lunghi, possono cambiare la loro nicchia nel corso di poche migliaia di anni. Questo deve suggerire estrema cautela quando si assume che la nicchia ecologica rimanga costante sia quando si ricostruisce il passato sia quando si prevede il futuro.
E se siete arrivati a leggere fino a qui, ecco una piccola sorpresa per premiarvi dell’impegno!
Michela Leonardi, Francesco Boschin, Paolo Boscato & Andrea Manica
Following the niche: the differential impact of the last glacial maximum on four European ungulates
Communications Biology volume 5, Article number: 1038 (2022) DOI: 10.1038/s42003-022-03993-7
Predicting the effects of future global changes on species requires a better understanding of the ecological niche dynamics in response to climate; the large climatic fluctuations of the last 50,000 years can be used as a natural experiment to that aim. Here we test whether the realized niche of horse, aurochs, red deer, and wild boar changed between 47,000 and 7500 years ago using paleoecological modelling over an extensive archaeological database. We show that they all changed their niche, with species-specific responses to climate fluctuations. We also suggest that they survived the climatic turnovers thanks to their flexibility and by expanding their niche in response to the extinction of competitors and predators. Irrespective of the mechanism behind such processes, the fact that species with long generation times can change their niche over thousands of years cautions against assuming it to stay constant both when reconstructing the past and predicting the future.
È appena uscito il nostro nuovo preprint che presenta pastclim, un pacchetto R per facilitare l’accesso e l’uso delle ricostruzioni paleoclimatiche
Michela Leonardi, Emily Y. Hallett, Robert Beyer, Mario Krapp, Andrea Manica
pastclim: an R package to easily access and use paleoclimatic reconstructions
bioRxiv 2022.05.18.492456; doi: https://doi.org/10.1101/2022.05.18.492456
Recentemente, lo sviluppo di ricostruzioni paleoclimatiche continue che coprono centinaia di migliaia di anni ha permesso di integrare il clima nel passato in studi di tantissime discipline diverse: dalla paleoecologia alla linguistica, dall’archeologia alla biologia della conservazione e dalla genetica delle popolazioni all’evoluzione umana.
Purtroppo, però, i dati climatici possono essere difficili da estrarre e analizzare per gli studiosi che non hanno familiarità con gli specifici formati in cui vengono condivisi. Con i miei colleghi di Cambridge e di Jena, abbiamo affrontato questo problema creando pastclim. Si tratta di un pacchetto R che facilita l’accesso e l’uso di due serie di ricostruzioni paleoclimatiche che coprono rispettivamente gli ultimi 120.000 e 800.000 anni.
Il pacchetto contiene un insieme di funzioni che consentono di recuperare in modo semplice e veloce il clima di specifiche aree per periodi di interesse, estrarre dati climatici di punti sparsi nello spazio e/o nel tempo, recuperare serie storiche da singoli siti e gestire facilmente i ghiacci perenni e le linee di costa.
Nel preprint sono contenuti due esempi che mostrano come usare pastclim per analisi archeozoologiche o paleoecologiche. Il codice in R e i dati associati possono essere scaricati da questo link.
Per maggiori informazioni:
sito web: https://evolecolgroup.github.io/pastclim/index.html
repository github: https://github.com/EvolEcolGroup/pastclim
vignette: https://evolecolgroup.github.io/pastclim/articles/a0_pastclim_overview.html
pastclim non è disponibile su CRAN.
[aggiornamento 16/01/2023: pastclim è ora disponibile su CRAN a questo link ]
Michela Leonardi, Emily Y. Hallett, Robert Beyer, Mario Krapp, Andrea Manica
pastclim: an R package to easily access and use paleoclimatic reconstructions
bioRxiv 2022.05.18.492456; doi: https://doi.org/10.1101/2022.05.18.492456
The recent development of continuous paleoclimatic reconstructions covering hundreds of thousands of years paved the way to a large number of studies from disciplines ranging from paleoecology to linguistics, from archaeology to conservation and from population genetics to human evolution. Unfortunately, such climatic data can be challenging to extract and analyze for scholars unfamiliar with such specific climatic file formats.
Here we present pastclim, an R package facilitating the access and use of two sets of paleoclimatic reconstructions covering respectively the last 120,000 and 800,000 years. The package contains a set of functions allowing to quickly and easily recover the climate for the whole world or specific areas for time periods of interest, extract data from locations scattered in space and/or time, retrieve time series from individual sites, and easily manage the ice or land coverage.
The package can easily be adapted to paleoclimatic reconstructions different from the ones already included, offering a handy platform to include the climate of the past into existing analyses and pipelines.
Enza Spinapolice mi ha invitato a fare ieri un seminario per il corso di Archeologia del Paleolitico (Laurea Magistrale) all’Università di Roma la Sapienza.
Ho fatto una presentazione dal titolo “La ricetta dell’interdisciplinarietà”, che ha suscitato molte domande e una discussione accesa. Grazie Enza per questa bella opportunità!
È appena uscito il capitolo che ho scritto insieme a Guido Barbujani (Ferrara) e Andrea Manica (Cambridge) per un libro accademico:
Leonardi, M., G. Barbujani, and A. Manica. 2021
Genetic demography: What does it mean and how to interpret it, with a case study on the Neolithic transition
In Ancient Connections in Eurasia, ed. by H. Reyes-Centeno and K. Harvati, pp. 91-100. Tübingen: Kerns Verlag. ISBN: 978-3-935751-37-7. https://doi.org/10.51315/9783935751377.005
Questo capitolo descrive cosa sono e come si fanno le ricostruzioni demografiche sulla base dei dati genetici. Vuole essere uno strumento per gli studiosi al di fuori del campo della genetica delle popolazioni (ad esempio archeologi, antropologi, ecc.) per comprendere meglio il significato e i limiti intrinseci della demografia genetica e per aiutare a integrare i suoi risultati nel più ampio contesto della ricostruzione del passato umano.
Il capitolo passa anche in rassegna gli studi che utilizzano questi metodi per ricostruire la transizione demografica del Neolitico.
The present work describes the basic principles underlying demographic reconstructions from genetic data, and reviews the studies using such methods with respect to the Neolithic Demographic Transition. It is intended as a tool for scholars outside the field of population genetics (e.g., archaeologists, anthropologists, etc.) to better understand the significance and intrinsic limitations of genetic demography, and to help integrate its results within the broader context of the reconstruction of the human past.